Если бы была обычная "кнопочная звонилка", то да - явный "косяк" оператора.
Но, с учетом "Вайфай подключен" - речь идет о смартфоне. А тут уже многое зависит от ОС. Например служебные/технические пакеты данных, игнорирующие Wi-Fi и тп. Не говоря о том, что то же Wi-Fi подключение может быть нестабильным и в момент, когда прошло какое-либо соединение, связь с точкой доступа прервалась и продолжилась через мобильную сеть. Да и просто недоработки в коде системы и приложений на смартфоне.

Уже неоднократно упоминалось, что, если не хотите попадать на мобильный интернет (особенно часто встречалось в темах со счетами за международный роуминг после поездок зарубеж), отключайте услугу мобильного интернета на уровне оператора (через личный кабинет или техподдержку).

Если же религиозные или еще какие-либо убеждения не позволяют пользоваться наиболее надежным способом (через оператора), то для смартфонов наиболее надежный вариант - это авиарежим и не перезагружать устройство.

В Вашем случае (мегафон+wifi), если нужны звонки и интернет в зоне постоянной связи с точкой доступа ("Лежит телефон.. Просто лежит.") и нет желания реализовывать это на стороне оператора, оптимальная последовательность действий:
1. Включить Мультифон/eMotion
2. Настроить соответственно прием звонков через него на смартфоне (если нужны смс, то лучше воспользоваться официальным клиентом)
3. Включить авиарежим и со включенным авиарежимом включить Wi-Fi.
4. Подключить к зарядному устройству.
По такой схеме минимизированы шансы мобильного соединения на уровне ПО устройства, но при этом сохраняется возможность совершения звонков и использования интернета.